Nach der obligatorischen Schulzeit, einer dreijährigen KV-Lehre sowie neun Jahren Klavierunterricht an der Musikschule Freienbach begann Roman Künzli im Jahr 1996 das Musikstudium am damaligen Konservatorium in Luzern mit dem Hauptfach Klavier, dem Nebenfach Orgel sowie diverser musiktheoretischer Fächer. Im Juni 2000 erwarb er das Lehrdiplom Klavier. Im Anschluss widmete er sich seinem zweiten Instrument, der Orgel. 2002 durfte Roman Künzli auch hier sein Lehrdiplom in Empfang nehmen. Da ihn die Orgel schon immer sehr fasziniert hat, war es stets sein erklärtes Ziel, auf diesem Instrument ein Konzertdiplom zu erlangen. Am 24. Juni 2004 war es dann soweit: In einem öffentlichen Rezital in der Lukaskirche Luzern erwarb er mit Erfolg dieses Diplom.

Seit Januar 1994 ist Roman Künzli als Organist in der Pfarrei Pfäffikon tätig, wo er im Jahr 2006 auch das Amt des Chororganisten übernahm. Seit September 1995 leistet er auch in der Pfarrei Schindellegi regelmässig Orgeldienste. Daneben erteilt er an den Musikschulen Freienbach und Schindellegi-Feusisberg Klavierunterricht.

Regelmässig begleitet Roman Künzli nebst dem Zwölferchörli auch den Männerchor Pfäffikon am Etzel und weitere Chöre und Instrumentalensembles der Region.